حقق يوسف الثنيان العديد من الانجازات خلال مشواره الطويل مع نادي الهلال والمنتخب السعودي ويعتبر اكثر قائد صعوداً على منصات التتويج منذ عام 1405هـ الذي شَهد انطلاقته الفعلية مع الفريق كلاعب اساسي وحقق الثنيان مع نادي الهلال 18 بطولة وهو رقم قياسي لم يسبق لأي لاعب محلي تحقيقها وهي على النحو التالي:
- بطولة الدوري السعودي عام 1405هـ
- بطولة الدوري السعودي عام 1406هـ
- بطولة الدوري السعودي عام 1408هـ
- بطولة الدوري السعودي عام 1410هـ
- بطولة كأس الاتحاد السعودي عام 1407هـ
- بطولة كأس الاتحاد السعودي عام 1410هـ
- بطولة كأس الاتحاد السعودي عام 1416هـ
- بطولة كأس الملك عام 1409هـ
- بطولة كأس ولي العهد عام 1415هـ
- بطولة كأس دوري خادم الحرمين الشريفين عام 1406هـ
- بطولة كأس دوري خادم الحرمين الشريفين عام 1418هـ
- بطولة كأس اندية مجلس التعاون الخليجي عام 1406هـ
- بطولة كأس اندية مجلس التعاون الخليجي عام 1418هـ
- بطولة كأس الاندية العربية ابطال الدوري عام 1415هـ
- بطولة كأس الاندية العربية ابطال الدوري عام 1416هـ
- بطولة كأس الاندية الاسيوية ابطال الدوري عام 1412هـ
- بطولة كأس الاندية الاسيوية ابطال الكأس عام 1417هـ
- بطولة السوبر الاسيوي عام 1418هـ
هذا بخلاف انجازاته مع المنتخب الوطني الاول حيث حقق كأس آسيا مرتين عامي 1988م و1996م إلى جانب انجازاته في وصول المنتخب الاول لمونديال فرنسا 1998م وقيادته للمنتخب السعودي الذي تأهل لمونديال فرنسا بعد تصدره لترتيب الفرق .والمشاركه في حصول المنتخب السعودي على المركز الثاني في كأس الامم الاسيوية عام 1992م باليابان وكذلك المركز الثاني في البطولة العربية السادسة التي اقيمت في سوريا 1992م .